- 1785 : Juan de Villanueva est chargé par Charles III de construire le Musée du Prado. Le bâtiment était à l'origine destiné à abriter le Cabinet d'histoire naturelle et a été construit dans un style néoclassique.
- 1819 : Le roi Ferdinand VII a officiellement ouvert le musée au public sous le nom de Musée royal de peintures et de sculptures, sur les encouragements de son épouse, la reine Marie-Isabelle de Bragance. Le premier catalogue comprenait environ 300 peintures.
- 1881 : La collection du musée s'agrandit considérablement, notamment avec les Peintures noires de Goya offertes par le baron Emile d'Erlanger, qui viennent enrichir son fonds d'art espagnol.
- 1936-1939 : Pendant la guerre civile espagnole, le musée a évacué 353 peintures et autres trésors pour les protéger, les déplaçant à Valence, Gérone, et finalement Genève, les restituant après la Seconde Guerre mondiale.
- 1971-1997 : Le bâtiment Casón del Buen Retiro a été incorporé au Musée du Prado pour exposer l'art du XXe siècle, agrandissant ainsi l'espace d'exposition du musée.
- 2001 : En raison des contraintes d'espace liées à l'accroissement de la collection, un nouveau bâtiment a été construit sur le même site afin d'augmenter la capacité du musée.
- 2007 : Le projet d'agrandissement est achevé, reliant le nouveau bâtiment à l'intérieur de la structure d'origine, modernisant le musée et augmentant les infrastructures d'exposition et d'accueil des visiteurs.
- 2023 : Le Musée du Prado a accueilli plus de trois millions de visiteurs, maintenant son statut de l'un des premiers musées d'art au monde avec des collections exceptionnelles de chefs-d'œuvre espagnols, italiens, flamands et autres chefs-d'œuvre européens.