- 1785: Juan de Villanueva est chargé par Charles III de construire le Musée du Prado. Le bâtiment était à l'origine destiné à abriter le Cabinet d'histoire naturelle et a été construit dans un style néoclassique.
- 1819: Le roi Ferdinand VII a officiellement ouvert le musée au public sous le nom de Musée royal de peintures et de sculptures, sur les encouragements de son épouse, la reine Marie-Isabelle de Bragance. Le premier catalogue comprenait environ 300 peintures.
- 1881: La collection du musée s'est considérablement élargie, notamment avec les peintures noires de Goya offertes par le baron Emile d'Erlanger, qui ont enrichi les collections d'art espagnol.
- 1936-1939: Pendant la guerre civile espagnole, le musée a évacué 353 peintures et autres trésors pour les protéger, les déplaçant à Valence, Gérone et finalement Genève, avant de les restituer après la Seconde Guerre mondiale.
- 1971-1997: Le bâtiment Casón del Buen Retiro a été intégré au Musée du Prado pour exposer l'art du XXe siècle, ce qui a permis d'agrandir l'espace d'exposition du musée.
- 2001: En raison des contraintes d'espace liées à l'accroissement de la collection, un nouveau bâtiment a été construit sur le même site afin d'augmenter la capacité du musée.
- 2007 : Le projet d'agrandissement a été mené à bien. Il a permis de relier le nouveau bâtiment à la structure d'origine, de moderniser le musée et d'accroître les infrastructures d'exposition et d'accueil des visiteurs.
- 2023 : Le Musée du Prado a accueilli plus de trois millions de visiteurs, maintenant son statut de l'un des premiers musées d'art au monde avec des collections exceptionnelles de chefs-d'œuvre espagnols, italiens, flamands et autres chefs-d'œuvre européens.