- 1785: Juan de Villanueva krijgt van Karel III de opdracht om het Prado Museum te bouwen. Het gebouw was oorspronkelijk bedoeld als onderkomen voor het Natuurhistorisch Kabinet en werd gebouwd in een neoklassieke stijl.
- 1819: Koning Ferdinand VII opende het museum officieel voor het publiek als Koninklijk Museum van Schilderijen en Beeldhouwwerken, op aansporing van zijn vrouw, Koningin Maria Isabel van Braganza. De eerste catalogus bevatte ongeveer 300 schilderijen.
- 1881: De museumcollectie werd aanzienlijk uitgebreid met onder andere de Zwarte Schilderijen van Goya, geschonken door Baron Emile d'Erlanger, waardoor de Spaanse kunstcollectie werd verrijkt.
- 1936-1939: Tijdens de Spaanse burgeroorlog evacueerde het museum 353 schilderijen en andere schatten om ze te beschermen. Het verplaatste ze naar Valencia, Girona en uiteindelijk Genève en bracht ze na de Tweede Wereldoorlog weer terug.
- 1971-1997: Het gebouw Casón del Buen Retiro werd opgenomen in het complex van het Prado Museum om 20e-eeuwse kunst te tonen, waardoor de tentoonstellingsruimte van het museum werd uitgebreid.
- 2001: Vanwege ruimtegebrek door de groeiende collectie werd op dezelfde locatie een nieuw gebouw in gebruik genomen om de capaciteit van het museum uit te breiden.
- 2007: Het uitbreidingsproject werd voltooid, waarbij het nieuwe gebouw intern werd verbonden met de oorspronkelijke structuur, het museum werd gemoderniseerd en de tentoonstellings- en bezoekersfaciliteiten werden uitgebreid.
- 2023: Het Prado Museum verwelkomde meer dan drie miljoen bezoekers en behield daarmee zijn status als een van 's werelds belangrijkste kunstmusea met uitstekende collecties Spaanse, Italiaanse, Vlaamse en andere Europese meesterwerken.