- 1785: Juan de Villanueva wird von Karl III. mit dem Bau des Museo del Prado beauftragt. Das Gebäude sollte ursprünglich das Natural History Cabinet beherbergen und wurde im neoklassischen Stil erbaut.
- 1819: König Ferdinand VII. eröffnete das Museum auf Anregung seiner Frau, Königin Maria Isabella von Portugal, offiziell als Königliches Museum für Gemälde und Skulpturen. Der erste Katalog umfasste etwa 300 Gemälde.
- 1881: Die Sammlung des Museums wird erheblich erweitert, u.a. durch die von Baron Emile d'Erlanger gestifteten Schwarzen Gemälde von Goya, die den Bestand an spanischer Kunst bereichern.
- 1936-1939: Während des Spanischen Bürgerkriegs evakuierte das Museum 353 Gemälde und andere Schätze, um sie zu schützen, und brachte sie nach Valencia, Girona und schließlich nach Genf, um sie nach dem Zweiten Weltkrieg zurückzugeben.
- 1971-1997: Das Gebäude Casón del Buen Retiro wurde in den Museumskomplex Museo del Prado integriert, um die Kunst des 20. Jahrhunderts auszustellen und die Ausstellungsfläche des Museums zu erweitern.
- 2001: Aufgrund des Platzmangels durch die wachsende Sammlung wurde ein neues Gebäude auf demselben Gelände in Auftrag gegeben, um die Kapazität des Museums zu erweitern.
- 2007: Das Erweiterungsprojekt wurde abgeschlossen, wobei das neue Gebäude intern mit der ursprünglichen Struktur verbunden wurde, das Museum modernisiert und die Ausstellungs- und Besuchereinrichtungen erweitert wurden.
- 2023: Das Museo del Prado begrüßte über drei Millionen Besucher und behauptet damit seinen Status als eines der wichtigsten Kunstmuseen der Welt mit herausragenden Sammlungen spanischer, italienischer, flämischer und anderer europäischer Meisterwerke.